Jusqu'en 1997, aucune sélection nationale féminine de football n'existait au Maroc, ce rôle étant réservé exclusivement aux hommes. C'est Nawal El Moutawakel, première médaillée d'or olympique du Royaume, qui porte le projet alors qu'elle est secrétaire d'État à la Jeunesse et aux sports, aux côtés du général Hosni Benslimane, alors président de la Fédération royale marocaine de football. Le football féminin gagne alors en popularité à l'international, mais la discipline reste négligée par les institutions marocaines. Nadia Maqdi, surnommée « Tigana » et première capitaine des Lionnes de l'Atlas, se souvient qu'avant 1997, « la fédération ne semblait pas intéressée par le football féminin ».
Sans championnat féminin structuré, les sélectionneurs doivent puiser dans un vivier réduit. Les joueuses sont choisies lors d'un championnat local de deux jours organisé au Centre national des sports Moulay Rachid, à Salé, parmi des équipes non conventionnelles, structures informelles ou amateurs, bien avant l'essor actuel du football féminin. Malgré ce vivier limité, la première sélection nationale est formée en un temps record et se prépare dès l'année suivante à représenter le Maroc dans la plus grande compétition africaine féminine.
Le Maroc intègre le Championnat d'Afrique féminin 1998 quasiment par hasard, après le forfait du Kenya, ce qui lui vaut une place directe aux côtés du Nigeria, de l'Égypte et du Congo-Kinshasa. Le 17 octobre 1998, les Marocaines affrontent le Nigeria, championne en titre et pays hôte, et s'inclinent lourdement 8-0. Trois jours plus tard, elles réagissent en battant l'Égypte 4-1, leur première victoire continentale, avant de faire match nul face au Congo-Kinshasa le 23 octobre. Malgré cette remontée, le Maroc est éliminé dès la phase de groupes à la différence de buts, dans une relative indifférence du public selon les journalistes de l'époque.
Les Lionnes de l'Atlas se qualifient une seconde fois pour le championnat continental en 2000, en Afrique du Sud, avec une nouvelle élimination en phase de groupes. Une nouvelle figure émerge toutefois : Lamia Boumehdi, alors plus jeune joueuse de l'équipe à 16 ans et demi, qui prendra ensuite la capitainie d'une équipe U19 face à des sélections seniors lors d'un tournoi arabe au Caire en 2001. Après ces deux participations, le Maroc disparaît des phases finales du championnat continental pendant deux décennies.
Le tournant structurel survient en août 2020, lorsque la Fédération royale marocaine de football signe un contrat-programme intégrant le football féminin dans sa stratégie nationale. Les résultats se concrétisent dès la Coupe d'Afrique des nations féminine 2022, organisée au Maroc : les Lionnes atteignent la finale et se qualifient pour leur première Coupe du monde, une première pour une sélection arabe, devant un public conquis.
Cet élan se confirme depuis : l'équipe nationale s'est qualifiée pour une deuxième Coupe du monde consécutive et a atteint les demi-finales de la CAN féminine 2026, disputée à domicile. Près de trois décennies après une première sélection formée dans l'urgence à partir d'un vivier amateur, le football féminin marocain s'inscrit désormais durablement parmi les références du continent.

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